Kärnan i Jonkerinsalo naturskyddsområde bildas av en ståtligt vacker, nästan en kilometer lång kanjon, Hiidenportti, som klyver landskapet i nordsydlig riktning. Naturskyddsområdet är långsmalt och splittrat men den enhetliga delen finns just kring kanjonen. Ån Louhipuro som rinner genom området blir en bredare älv mellan de lodräta klippväggarna och strömmar vidare söderut.
I närheten av Hiidenportti i Jonkerinsalo finns skyddsområden för gamla skogar. Då skyddsprogrammet får laga kraft ökar hela skyddsområdets areal till 36,39 km².
Skogshöjder, karga tallmyrar och ställvis lundaktiga grankärr utgör karaktäristiska drag för naturskyddsområdet. Ett flertal bäckar, åar och tjärnar samt små myrar ger liv åt landskapet i Jonkerinsalo.
Vid tjärnen Suolalampis utflöde finns en fors där man tidigare byggt en damm för flottning och därför har man rensat upp forsen. I områdets södra del rinner ån Suolajoki som via små forsar och lugnvatten rinner ut i älven Jongunjoki. Östra delen av Jonkerinsalo passeras av älven Jongunjoki som även den är en gammal flottningsled. Numera är Jongunjoki en populär kanotled.
På både Jongunjokis och Suolajokis stränder kan man se spår av att bävern vistats på området. I området påträffas dessutom alla våra stora rovdjur. I faunan ingår även bl.a. gäss och skogshönsfåglar.
