Bergsskogar och lundar
På Kaihuanvaara och Kivalot växer typiska nordbottniska bergsskogar. Trädslagen, växtplatserna och höjdförhållandena är omväxlande, och detta har skapat en exceptionellt rik natur på områdena. Jordarten består huvudsakligen av morän, och skogarna är grandominerade. Det förekommer även lundar och lundartade stråk i dalarna mellan de skogklädda bergen.
Man har beslutat att lämna skogarna på krönet av Kaihuanvaara orörda, med undantag av eventuella åtgärder som krävs med tanke på forskningen. Hela krönområdet har en areal på 487 hektar. Området erbjuder arter som är beroende av gamla skogar fina livsmiljöer, för i skogarna på krönet finns det ovanligt mycket lövträd och myrområden av olika storlek. Trädbeståndets ålder och struktur varierar stort, flera hundra år gamla furor och mycket gamla granskogar med ett tjockt humustäcke är ingen sällsynthet på Kaihuanvaara.
Namalikkokivalo skyddsområde för gamla skogar (836 ha) ligger på Kivalo-området och består huvudsakligen av gammal skog på bergskrönet. Tjärnar omgivna av fattigmyrar är typiska för området. Från Namalikkokivalo har man en fin utsikt över Kemi älvdal. På området trivs många hålbyggande fågelarter, till exempel tretåig hackspett och spillkråka
På Kaihuanvaara finns det ett lundskyddsområde, som har en areal på 13 hektar. Lundskyddsområdet ligger nära södra delen av Sienipolku (Svampstigen). På området finns en källa, en liten dold bäck och en källbäck. Den rika växtligheten i fältskiktet avslöjar att växtplatsen är frodig och mångsidig. Trädbeståndet är grandominerat men ställvis förekommer lövträdsdominerad blandskog och täta häggbestånd. Hotade arter som växer på området är bl.a. köseven, lundarv och norsknoppa. Vanligare lundväxter på området är tibast och röda vinbär.
Bergrund och jordmån
Bergrunden på området varierar. På bägge sidorna av Kemi älv förekommer glimmerskiffer. De skogklädda bergen består framför allt av kvartsiter, men på deras sydsluttningar finns det små områden med granit. I nordöstra delarna av Isokivalo finns det också kalkrika marker.
Den allmännast förekommande jordarten på områdena är sandmorän, som 40 % av skogsbruksmarken består av. Av hela skogsbruksmarken består 61 % av olika slags moräner, 5 % av sorterade jordarter och 32 % av organiska jordarter.