I Otajärvi möts en frodig fågelvåtmark och ett kargt insjölandskap. Sjöns södra och östra delar består huvudsakligen av karga områden med bergsstränder. Däremot är den norra ändan av Otajärvi ytterst frodig, och där förekommer vassruggar och sävtuvor. Den norra ändan hotas faktiskt av igenväxning. Längs stränderna orsakas igenväxningen av vassens och videts utbredning. På de öppna vattenområdena är problemet tjocka vattenmossförekomster.
Otajärvis mångidiga fågelfauna
Otajärvi är en av våra bästa fågelsjöar mätt i sjöfågelfaunans art- och parmängd. Enligt en fågelutredning som gjordes år 2002 häckade det 14 sjöfågelarter vid sjön, vars sammanlagda parmängd var 259.
De rikligaste förekommande sjöfågelarterna i sjön är knipa, kricka och gråhakedopping. Dessutom häckar bl.a. sångsvanen vid Otajärvi, och sedan år 1997 har även grågåsen häckat där. Tack vare områdets speciella karaktär kan man se dykande storlom i Otajärvis karga södra ända.
I Otajärvi häckar även flera sjöfågelarter som är fåtaliga i Finland. År 2002 häckade det t.ex. tre par bruna kärrhökar vid sjön och det fanns upp till 18 vattenrallrevir. Till sjöns ljudvärld om natten hör de småfläckiga sumphönorna och rördrommarna. Dit hör även dvärgmås, trana och gråhakedopping. Skäggmesen, som hör till de senaste nykomlingarna i den häckande fågelfaunan, har häckat på sjön sedan början av 1990-talet.
Även i sjöns strandskogar häckar det värdefulla fågelarter, såsom mindre hackspett och stjärtmes. Dessutom är jagande lärkfalkar, ormvråkar och fiskgjusar en vanlig syn på Otajärvi.
Värdefulla naturtyper
Förutom den mångsidiga fågelfaunan finns det i Otajärvi även naturtyper som enligt EU:s naturdirektiv bör skyddas. Otajärvi representerar nämligen en naturligt frodig sjö. Dessutom finns det bl.a. skogsmadar längs stränderna, och vid sjöns södra ända finns det ett område som hör till skyddsprogrammet för gamla skogar.
Sjöns skötsel och återställning
I sjöns norra ända har det gjorts experiment med att avlägsna vattenmossa. Avlägsnandet av mossan är en förstahjälp för att förbättra sjöns tillstånd, men det ger även värdefull information om tillämpningens följder, som kan användas på andra ställen. Mossa har under åren 1999, 2001 och 2002 avlägsnats på ett ca 1,5 hektar stort område.
I Otajärvis omgivning har det tidigare funnits strandbetesängar, som efter att betesgången upphört har försvunnit då vass och vide har tagit över stränderna. Det strävas till att återställa de öppna strandängarna med slåtter och betesgång. På sjöns största ö Iso-Kaskinen har stränderna återställts till naturligt tillstånd genom att riva gamla byggnader.