Naturen på Pääjärvi rekreationsområde är mycket mångsidig trots områdets ringa storlek. Området ligger i norra kanten av det vidsträckta Pernunnummi, och talldominerad moskog är den förhärskande skogstypen på området. Utmed leden finns det också såväl grankärr som unga björkbestånd.
Åsarna präglar området, och vandringslederna slingrar sig upp och ner för åsarnas sluttningar. Det finns också skogstjärnar och små myrar på området. Man kan beundra sjölandskapet, som skymtar mellan träden, nästan längs hela vägen, för lederna går nära stranden.
Spår efter istiden
Spåren efter istiden syns fortfarande på Pääjärviområdet. Åsarna på området uppstod för ca 10 000 år sedan, då smältvattnen och isälvarna avsatte sand i sprickor i inlandsisen. Även det stora antalet flyttblock och dödisgropar påminner om istiden. Hela Pernunnummiområdet ingår i Salpauselkä III och består av ett enormt delta för istida smältvattensälvar.
Invånare i skog och sjö
På området häckar flera sjöfågelarter, såsom knipa och smålom samt trana i Poikamonlahti. I skogarna ljuder småfåglarnas oupphörliga kvitter och sång, och man kan inte undgå att höra hackspettars ivriga knackande.
Det finns också rikligt med älgar med ståtliga horn och vitsvanshjortar på de omgivande glesbebyggda områdena och de rör sig också i rekreationsområdets utkanter.
Skygg nattsuddare
Om man rör sig riktigt tyst och försiktigt kan man med god tur få syn på den mycket hemlighetsfulla och hotade flygekorren med stora ögon som ljudlöst glider från träd till träd. På Kynnysniemiområdet finns en flygekorrspopulation.
Flygekorrarna rör sig utanför sitt bohål huvudsakligen endast på natten, men under parningstiden och då de diar visar de sig också på dagen. De är dock svåra att upptäcka då de närmaste ljudlöst glider långa sträckor.
Flygekorren är en hotad art och dess bestånd minskar hela tiden. Största orsaken till minskningen anses vara att de lämpliga livsmiljöerna, dvs. gamla blandskogarna, minskar till följd av hyggen.