Siikalahti har varit en fågelsjö endast en kort tid. Siikalahtis fågelparadis uppkom som följd av att vattenytan sänktes i de två Simpelejärvi-sjöarna. Under åren 1830 - 1833 och 1939 - 1943 sänktes vattenytan sammanlagt ca 3 meter. 56 km² av den tidigare sjöbottnen togs i bruk som odlingsmark. Det öppna vattnet är nu ca 100 ha, men på 1940-talet var Siikalahtis öppna vattens areal ca fyra gånger större. Det började samlas våtmarksfåglar på det grunda vattnet, t.ex. rördrommen. Ännu på 1970-talet planerades det att torka upp våtmarken. År 1982 inkluderades Siikalahti i det riksomfattande skyddsprogrammet för fågelvatten och området skaffades till staten i mitten av 1980-talet.
Siikalahtis igenväxning
Den grunda, frodiga viken håller på att växa igen. Det beror på att viken är grund, på sänkningarna av Simpelejärvis vattenyta, på avloppsvattnet som släpptes ut i viken på 1960- och 1970-talen samt på näringen som kommer från åkrarna. Även dikningarna som gjordes i mitten av 1980-talet vid innersta viken i söder och på västra stranden försämrade permanent våtmarksfåglarnas livsmiljö. Restaureringen av fågelsjön inleddes i slutet av 1980-talet, då det byggdes en vall och en damm runt vikens södra del. Från vikens uppsamlingsdiken pumpas lakvattnen till vikens sida. Tack vare dammvallen ligger vattenytan i Siikalahtis södra del ca 40 cm högre än i Simpelejärvi. Ett visst skede i igenväxningen utgör den idealiska livsmiljön för våtmarksfåglarna, så skötseln av viken kräver hela tiden åtgärder.
Under Siikalahti Life-projektet år 2001 - 2003 röjdes de videbevuxna strandmadarna upp på ett 62 ha stort område och det öppna vattnets yta förstorades genom att mosaikaktigt ta bort växtlighet från ett 47 ha stort område. Under Siikalahti Life-projektets tid har det gjorts mycket restaureringsarbeten.
Uppföljningen av Siikalahti
Uppföljningen av fågelbestånden har långa traditioner i Siikalahti. Fågelfaunan har följts upp allt sedan slutet av 1940-talet. De nästan årliga uppföljningarna, som är jämförbara sinsemellan, har börjat i slutet av 1960-talet, vilket utgör ett rekord i sin klass i Finland. I Siikalahti har man dessutom forskat i dikningarnas och strandarrangemangens samt olika skötselåtgärders inverkan på fågelfaunan. Sedan uppföljningen inleddes har det kommit till omkring tjugo nya häckande arter i Siikalahti medan endast några har försvunnit. Orsakerna till förändringarna är igenväxningen av de öppna vattnen, madarnas utvidgning och förbuskningen samt förändringar i arternas sammanlagda bestånd i hela Södra Finland. Dessutom följer man upp förändringar i vattenkvaliteten och vegetationen i Siikalahti.