Man ser tydligt spår av människan i Själölandskapet. De första åkrarna på ön röjdes redan under medeltiden. Betande djur har förändrat landskapet. Man uppskattar att Själö var nästan trädlöst under 1600–1900-talen. Betet minskade i början av 1900-talet och ängar, hagar och torra bergsängar beskogades och började växa igen.
Den nuvarande naturmiljön på Själö kan indelas i tre olika typer: den lundartade och frodiga södra delen, den öppna mellandelen som domineras av traditionslandskap och den karga norra delen där barrträden dominerar. Till de mer sällsynta naturtyperna på Själö hör de omfattande hassellundarna på öns södra del och de torra bergsängarna i mitten av ön.
Av de hotade och nära hotade arterna på Själö är största delen gamla kulturarter, som lever i de försvinnande traditionella växtmiljöerna. På Själö påträffar man bland annat ängsnejlika, amiralfjäril, påfågelöga, nordisk fladdermus och vattenfladdermus. Ett fiskgjuspar häckar årligen på ön. Man kan följa parets liv via en kamera, sääksikamera, på webbplatsen för Skärgårdshavets forskningsinstitut vid Åbo universitet (saaristomeri.utu.fi, på finska).
Själö deltar i många skyddsprogram som stöder naturens mångfald, såsom Natura 2000 och strandskyddsprogrammet. Traditionslandskapen på ön har restaurerats genom slåtter, hyggesbränning och import av betande boskap.