Betydelsefulla naturtyper
Vaisakko naturskyddsområde har inrättats dels för att skydda de representativa lundområdena och ädelträdsbestånden, dels utrotningshotade svamp- och insektsarter i Södra Finlands ekzon. I Vaisakko finns en ur landsomfattande synpunkt sällsynt naturtyp Fennoskandiens hemiboreala naturliga ädelträdsbestånd.
Skogar
I mellersta delen av området finns en gammal äng, där man planterat vårtbjörk. På båda sidorna av ängen reser sig höjder med branta sluttningar. I västra delen på krönet av höjden finns hällmarksskog. På Vaisakko naturskyddsområde finns det rikligt av ädla lövträd. Längre ner i sluttningen blir hasselbuskagen, ekarna, skogslindarna och lönnarna vanligare. Skogslinden som den mest talrika av ädelträden förekommer främst i lundens östra del. Förekomsten av lönn är en av Salotraktens få naturliga förekomster. Askarna som växer i Vaisakko är planterade. De grövsta ekarnas omkrets närmar sig fyra meter. I lundarna nära stränderna är de dominerande trädslagen klibbal och hägg.
Gamla, stora och delvis förmultnade ädelträd erbjuder växtplatser och näring åt många t.o.m. sällsynta svampar och ryggradslösa djur. Hålorna i gamla träd erbjuder för sin del boplatser åt många hålbyggare.
Vegetation och svampar
Vegetationen i Vaisakko är mångsidig, frodig och ställvis t.o.m. sällsynt. I buskskiktet finns förutom hasselbusken även rikligt av måbär och skogstry. Flera arter blommar tidigt på våren, då trädens blad ännu inte skuggar markytan. Om våren ger gullvivor, vårlök, gulsippor och svalört en gul blomsterprakt. Blåsippor, lungörter, vårärter och stora nunneörter blommar å sin sida i blå och violetta färgnyanser. Senare på våren öppnar bl.a. skogssallaten och den illaluktande stinknävan sina kronblad. Under sommarnätter kan man njuta av den väldoftande nattviolens doft. Senare på sommaren utvecklas giftiga bär hos trollbär, storrams och trolldruva. Sporväxterna representeras av den längs marken slingrande mattlummern, av den ståtliga strutbräken, majbräken samt av både skogs- och ängsfräken.
I Vaisakko finns många tickor och svampar som hör till släktet Aphyllophorales. Dessa är indikatorarter för gamla skogar. Sådana är till exempel rynkskinn, brandticka, och den missgynnade grantickeporringen. I Vaisakko har man påträffat i Finland hotade mossor och svampar. Som exempel på dessa kan nämnas tårkragskivling, grönsporig skivling, droppklibbskivling, nordisk klipptuss samt den regionalt hotade haldanenmossan som växer på död ved. I bergsskrevor och håligheter växer hotade rävsvansmossa, rundfjädermossa och blåsfliksmossa. På de bördigaste platserna av sluttningarna växer bl.a. piskbaronmossa och grov baronmossa.
Fågelfaunan
Beträffande fågelbeståndet är området rikt och mångsidigt och i synnerhet sätter den rikliga lundartsfaunan sin särprägel. Bland fåglarna påträffas på området bl.a. gråspett, berguv, pärluggla, trädlärka och tretåig hackspett. Fågelarter som trivs i lundar är bl.a. härmsångare, trädgårdssångare, kattuggla, svarthätta, kärrsångare, rosenfink och näktergal. I norra delen av Vaisakko naturskyddsområde öppnar sig ett ur fågelsynpunkt värdefullt strandängs- och vassruggsområde. Detta område sammanfaller delvis med Viurilahti Natura-område.