Området kring Kärnäkoski fästning har klassificerats som ett område som är värdefullt på landskapsnivå. Fåren håller landskapet öppet om somrarna.
På ängarna och fälten i Kärnäkoski förekommer det rikligt med viktiga växtarter som är typiska för traditionslandskap, såsom den hotade gulmåran (Galium verum). Vid fästningen trivs också brunklöver (Trifolium spadiceum) och ängsnejlika (Dianthus deltoides). Allt som allt har 130 olika kärlväxtsarter hittats på fästningens innergård.
Till växtarterna hör flera så kallade arkeofyter, växter som ursprungligen hörde hemma i Ryssland och som berättar om fästningens historia. Det ståtliga mörka kungsljuset (Verbascum nigrum) användes fordom som läkeört liksom den sällsynta backrutan (Thalictrum simplex) och svartkämpar (Plantago lanceolata).
Ur jordlagrens fröbank har det vid renoveringarna av fästningen också uppenbarat sig exempelvis rockentrav (Arabis glabra) och bolmört (Hyoscyamus niger), av vilka den senare redan under antiken var känd som en ytterst giftig växt, som användes som smärtstillande medel. Om krigshistorien vittnar sandvitan (Berteroa incana), som i folkmun kallas "kosackens fotspår".