Hågkomster av forna tiders invånare
Karkali udde har haft en permanent bosättning allt sedan 1500-talet. Under århundradenas gång har människans verksamhet inverkat på områdets natur på många sätt. På udden har det bl.a. idkats svedjebruk, röjts och odlats åkrar och låtits boskap beta. I Karkali har det även avverkats skog bl.a. för att framställa träkol. Nuförtiden kan från den markerade i områdets nordvästra del urskilja bottnet av en gammal kolmila som en rund avsats som är högre än omgivningen och bevuxenmed gran. Ända fram till 1950-talet avverkade man skog och lät boskapen beta på udden.
På det nuvarande naturreservatets område har det funnits tre torp: Lepola, Tuomihieta och Kukinhuone. Det äldsta av dem, Kukinhuone torp, har legat i ruiner allt sedan 1800-talet. Karkali uddes sista torp Lepola var bebott fram till 1910-talet. Allt som nuförtiden finns kvar av Lepola är platsen där ugnen stod, som syns som en stenhög i den täta granskogen.
Ärkebiskopenstid
Vid 1900-talets skifte var Karkali även bekant som ärkebiskop Johanssons sommarvistelseplats. Han lät röja nötplockningsstigar i Karkalis lundar. Som stödjepunkt för nötplockningsfärderna byggdes ett lusthus år 1902 på Karkali uddes spets, därifrån man kunde beundra insjölandskapet mot Karislojo kyrka. Av paviljongen kan man endast se grundstenarna numera. Även utsikten från paviljongen mot Karislojo har nuförtiden nästan helt täckts igen av trädbeståndet.
Den största orsaken till att naturreservatets växtlighet bevarats lär vara att såväl ärkebiskopen som hans son Kustavi Kaila var stora naturvänner. De strävade bl.a. till att skydda uddens sällsynta arter samt att bevara dess natur i så naturligt tillstånd som möjligt.
Naturreservatet grundas
Karkali uddes egendomsförhållanden förändrades i slutet av 1950-talet, och man började planera bl.a. en stugby och ett friluftsområde på området. Som resultat av en offentlig diskussion förvärvade staten ändå ett 100 ha stort område på udden för naturskydd, och Karkali naturreservat grundades år 1964 med stöd av lagen. I början av år 2002 övergick besittningen av området från Skogsforskningsinstitutet till Forststyrelsen.