Skärgården kring Söderskär är ett viktigt skydds- och forskningsområde för sjöfågelfaunan, en nationellt värdefull kulturmiljö och ett unikt turistmål.
Viltforskning och inventering av fågelbeståndet
År 1965 inrättades i de tomma byggnaderna på ön en forskningsstation, som lydde under Statens viltforskningsanstalt. Till stationens uppgifter hörde att följa fåglarnas flyttning samt sälforskning. Forskningsstationens personal bodde i lotsstugan och inventerade fågelbeståndet från fyren. Personalen utförde också många reparationsarbeten på byggnaderna, på samma sätt som lotsarna och fyrvaktarna hade gjort tidigare. Forskningsstationens verksamhet upphörde 2007. För att fortsätta inventeringen av fågelbeståndet har en fågelstation som drivs av frivilliga inrättats på ön. BirdLife Finland rf ansvarar för verksamheten.
Ejderns rike
Skärgården kring Söderskär är ett av Finska vikens viktigaste häckningsområden för skärgårdsfåglar. Ejdrar (Somateria mollissima) har häckat här i generationer. På havsbotten finns rikligt med blåmusslor, som är en viktig näringskälla för ejdrarna.
Bestånden av skärgårdsfåglar på Söderskär har inventerats i tiotals år. Sedan 1948 har Vilt- och fiskeriforskningsinstitutet skött inventeringen. Numera inventeras flyttfåglarna av frivilliga vid fågelstationen på ön och Forststyrelsen ansvarar för inventeringen av häckningsbeståndet.
Öarna har varit ett fredat område sedan 1930-talet, vilket syns i fågelbestånden. År 1950 var antalet häckande ejderpar 209; år 2013 var antalet cirka 1 700 par. Som mest har det funnit hela 2 400 ejderpar.
Även andra fågelarter, såsom tobisgrissla (Cepphus grylle), fisktärna (Sterna hirundo) och silvertärna (Sterna paradisaea) har mått bra av att få häcka i fred. För närvarande utgör minkarna på ön det största hotet mot fåglarna, utöver människor som tar i land under häckningstiden.
Grund och kala klippor
Största delen av skären och kobbarna vid Söderskär består av kala klippor. Endast på de större skären hittar man lågvuxen torrängsvegetation. På de största holmarna finns enbusksnår och små asp- och grandungar. I klipphålor, i skydd för havsvinden, hittar man ängsområden med gräsdominerad vegetation. I området växer bland annat toppfrossört (Scutellaria hastifolia). Havsbotten vid Söderskärs yttre skär och grunden söder om ögruppen består huvudsakligen av klippor eller grynnor och sandbankar under vattnet.
